Bioconductor v Africe: První prezenční kurz v Etiopii

Souhrn

V srpnu 2025 proběhl v Addis Abebě první prezenční kurz Bioconductoru v Etiopii, organizovaný Bio and Emerging Technology Institute (BETin) ve spolupráci s Mezinárodním institutem pro tropické zemědělství (IITA) a University of Limerick. Kurz poskytl praktické školení v bioinformatice 26 vybraným účastníkům z celé země.

Klíčové body

První Bioconductor kurz v Etiopii se konal 25.–29. srpna 2025 v Addis Abebě.
Účastníci získali praktické zkušenosti s R, Bioconductor a analýzou genové exprese.
Kurz byl navržen pro pokročilé studenty, výzkumníky a akademiky z oblastí genetiky, zemědělství a veřejného zdraví.
Z více než 170 uchazečů bylo vybráno pouze 26 účastníků, což ukazuje na vysoký zájem o bioinformatické dovednosti.
Kurz byl podpořen významnými institucemi včetně BETin, IITA a University of Limerick.

Podrobnosti

Kurz trval pět dní a zahrnoval praktické sezení zaměřené na zpracování biologických dat pomocí jazyka R a platformy Bioconductor. Účastníci se učili spravovat a vizualizovat data, pracovat s jádrovými datovými strukturami jako SummarizedExperiment, provádět průzkumnou analýzu dat, kontrolu kvality, analýzu diferenciální exprese genů pomocí nástroje DESeq2 a analýzu obohacení genových sad (gene set enrichment analysis). Tato témata jsou klíčová pro moderní genomický výzkum, zejména v oblastech jako zemědělská biotechnologie nebo veřejné zdraví.

Kurz se uskutečnil pod záštitou BETin – etiopského výzkumného institutu zaměřeného na biotechnologie a nové technologie – a spolupracovaly na něm mezinárodní organizace jako IITA, která se zabývá výzkumem v tropickém zemědělství, a irská University of Limerick. Mezi přednášejícími byli jak místní odborníci, například Dr. Helen Nigussie z Addis Abebské univerzity, tak mezinárodní lektoři jako Trushar Shah a Dr. Maria Doy.

Proč je to důležité

Tento kurz představuje významný krok v budování bioinformatické kapacity v subsaharské Africe. Bioinformatika je klíčová pro interpretaci genomických dat, což je nezbytné jak pro zemědělský výzkum (např. odolnost plodin vůči suchu), tak pro veřejné zdraví (např. sledování patogenů). Skutečnost, že na kurz přišlo přes 170 přihlášek, ukazuje na akutní nedostatek kvalitního školení v této oblasti. Rozšíření přístupu k nástrojům jako Bioconductor – open-source platformě pro analýzu genomických dat – může urychlit vědecký pokrok v regionech, které jsou často vyloučeny z globálních výzkumných sítí. Tento kurz tak přispívá k demokratizaci pokročilé vědecké analýzy a podpoře místních výzkumných komunit.

Číst původní článek

Zdroj: 📰 R-bloggers.com