AmDB: databáze funkční genomiky rostliny Astragalus membranaceus

Souhrn

Výzkumníci z Číny představili AmDB – první specializovanou databázi funkční genomiky pro rostlinu Astragalus membranaceus, jejíž sušený kořen se používá v tradiční čínské medicíně pod názvem Huang Qi. Databáze integruje genomická a transkriptomová data zveřejněná v letech 2022 a 2024 a poskytuje nástroje pro analýzu genové exprese a koexprese.

Klíčové body

AmDB obsahuje funkční a strukturní anotace 27 245 genů založené na celogenomovém sekvenování.
Databáze zahrnuje 62 transkriptomových vzorků z veřejného úložiště SRA.
Byla vytvořena síť genové koexprese s více než 340 tisíci genovými páry.
Nástroje umožňují identifikaci genů spojených s biosyntézou bioaktivních sloučenin, například fenylalanin amoniázy.
Databáze je volně dostupná na adrese http://bioinformatics.nwnu.edu.cn/AmDB/.

Podrobnosti

AmDB vznikla jako reakce na rostoucí množství genomických dat pro A. membranaceus a jeho odrůdu A. mongholicus, jejichž celé genomy byly sekvenovány v letech 2022 a 2024. Přesto dosud chyběla centralizovaná platforma pro analýzu a porovnávání funkčních vlastností genů. Výzkumníci z Northwest Normal University a dalších institucí proto vyvinuli AmDB, která kombinuje anotace genů s daty z 62 transkriptomových vzorků. Pomocí Pearsonova korelačního koeficientu a metody Mutual Rank vytvořili síť genové koexprese, která pokrývá 94,87 % kódujících genů. Tato síť umožňuje identifikovat geny zapojené do klíčových metabolických cest – například do biosyntézy flavonoidů a saponinů, které jsou zodpovědné za léčivé účinky Huang Qi. Databáze tak poskytuje výzkumníkům nástroje pro cílené studium genů ovlivňujících kvalitu a účinnost léčivé rostliny.

Proč je to důležité

AmDB představuje významný krok pro bioinformatický výzkum léčivých rostlin, zejména v oblasti tradiční čínské medicíny. Umožňuje systematickou analýzu genové funkce a podporuje šlechtění rostlin s vyšším obsahem bioaktivních látek. V širším kontextu ukazuje, jak moderní bioinformatika může propojit tradiční léčebné postupy s molekulární biologií a genomikou, což má potenciál urychlit objev nových léčiv nebo optimalizovat pěstování léčivých rostlin.

Číst původní článek

Zdroj: 📰 Biomedcentral.com