Souhrn
Na platformě PyPI byl zveřejněn nástroj nucleotide-archive-mcp ve verzi 0.0.2, který slouží jako MCP (Model Context Protocol) server pro dotazování Evropského nukleotidového archivu (ENA). Nástroj usnadňuje vyhledávání veřejně dostupných RNA-seq dat, včetně bulk, single-cell a spatial transcriptomics, a podporuje propojení s vědeckými publikacemi.
Klíčové body
- Umožňuje vyhledávání RNA-seq dat podle nemoci, organismu a typu tkáně
- Podporuje filtrování podle technologie (bulk, single-cell, small-RNA, ribo-seq atd.)
- Generuje skripty pro stahování dat (wget/curl)
- Poskytuje metadata včetně PubMed ID a odkazů na publikace
- Optimalizován pro lidské a myší studie související s nemocemi
Podrobnosti
Nástroj nucleotide-archive-mcp je určen především pro bioinformatiky a výzkumníky, kteří potřebují efektivně přistupovat k veřejným datům z ENA – jednoho z největších světových archivů sekvenčních dat. Na rozdíl od tradičních rozhraní umožňuje komunikaci přes MCP, což usnadňuje integraci s AI systémy a automatizovanými analytickými workflow. Uživatelé mohou vytvářet složité dotazy kombinující více parametrů, například organismus („human“ nebo „mouse“), typ tkáně, nemoc nebo konkrétní technologii sekvenace (např. RNA-Seq, miRNA-Seq, ATAC-seq). Nástroj také podporuje filtrování podle typu zdroje dat (TRANSCRIPTOMIC, GENOMIC apod.) a generuje přímo spustitelné skripty pro stažení FASTQ souborů. Díky propojení s PubMed lze rychle identifikovat studie, které již byly publikovány na základě daných dat.
Proč je to důležité
V době, kdy se výzkum založený na RNA-seq daty stává běžnou součástí biomedicínského výzkumu, je efektivní přístup k relevantním datovým sadám klíčový. Tento nástroj zjednodušuje reprodukovatelnost výzkumu a umožňuje rychlé ověření hypotéz bez nutnosti manuálního prohledávání rozsáhlých databází. Integrace s MCP otevírá cestu k propojení s AI modely, které mohou navrhovat relevantní datové sady na základě popisu výzkumné otázky. I když se nejedná o průlomovou technologii, představuje užitečné zlepšení workflow pro bioinformatické týmy a podporuje otevřenou vědu.
Zdroj: 📰 Pypi.org
| 